3541 株式会社農業総合研究所 半期報告書－第20期(2025/09/01－2026/08/31)

【表紙】

第一部【企業情報】

第１【企業の概況】

１【主要な経営指標等の推移】

　（注）１．当社は中間連結財務諸表を作成しておりませんので、連結会計年度にかかる主要な経営指標等の推移については記載しておりません。

２．第19期中間会計期間の潜在株式調整後１株当たり中間純利益については、希薄化効果を有している潜在株式が存在していないため記載しておりません。

３．第20期中間会計期間の潜在株式調整後１株当たり中間純利益については、潜在株式は存在するものの、１株当たり中間純損失であるため記載しておりません。

２【事業の内容】

　当中間会計期間において、当社が営む事業の内容について、重要な変更はありません。また、主要な関係会社における異動もありません。

第２【事業の状況】

１【事業等のリスク】

　当中間会計期間において、新たな事業等のリスクの発生、また、2025年11月28日提出の有価証券報告書に記載した事業等のリスクについての重要な変更はありません。

２【経営者による財政状態、経営成績及びキャッシュ・フローの状況の分析】

　文中の将来に関する事項は、当中間会計期間の末日現在において判断したものであります。

(1）業績の状況

　近年の全国農業総産出額は、米、野菜、肉用牛等における国内外の需要に応じた生産の進展等を背景に、９兆円前後で推移してまいりました。2024年の農業総産出額は、米や野菜の価格が上昇したこと等から、前年に比べ1兆2,923億円増加し、10兆7,801億円となりました。また、近年の生産農業所得は、全国農業総産出額の増減はあるものの、３兆円台で推移しております。2024年は、農産物の価格が上昇したこと等により、前年に比べ6,746億円増加し、３兆9,649億円となりました（出典：農林水産省「生産農業所得統計」）。他方で、2024年２月時点の農業経営体数88万３千経営体のうち、個人経営体は84万２千経営体で、前年に比べ5.2％減少した一方、団体経営体は４万１千経営体で0.7％増加し、団体経営体のうち、法人経営体は３万３千経営体で前年に比べ1.2％増加しております（出典：農林水産省「農業構造動態調査」）。農業経営体の減少が続く中、法人化や規模拡大の進展が継続しております。

　当中間会計期間における青果価格は、少雨等の天候不順の影響により、平年に比べやや高めの水準で推移いたしました。一方、スーパーマーケットにおける青果物の販売動向は、前年同月比で下回り、食品全体の販売動向に比べ低い水準で推移いたしました。

　このような環境のもと、より多くの生活者に「おいしい」をお届けするために、当社の主たる事業である農家の直売所事業及び成長事業である産直事業を推進いたしました。2025年4月公表の「中期経営計画2025-2027」にもありますように、当中間会計期間において産直委託モデルの展開やAI需要予測システムの開発を推進してまいりました。また、各種値上げ等のコスト増が見込まれる環境においても利益が確保できるよう、前事業年度に引き続き、生産者からいただく手数料等の見直しを行うとともに、将来の事業成長に向けた人材投資を行い、事業基盤の強化に努めました。

　このような取組みの結果、流通総額は8,891,577千円（前年同期比3.7％増）、2026年２月末日時点でスーパーマーケット等の国内小売店への導入店舗数は2,358店舗（前事業年度末より112店舗増）、農産物の集荷拠点である集荷場は76拠点（前事業年度末より２拠点減）、登録生産者は10,587名（前事業年度末より168名増）となりました。

　当中間会計期間の経営成績は、売上高は4,644,905千円（前年同期比12.4%増）、営業損失は17,282千円（前年同期は営業利益134,604千円）、経常損失は14,714千円（前年同期は経常利益138,834千円）、中間純損失は16,302千円（前年同期は中間純利益87,240千円）となりました。

　セグメントごとの経営成績は、次のとおりであります。

①農家の直売所事業

　農家の直売所事業では、当社及び業務委託先が運営する集荷場で登録いただいた生産者から農産物を出荷し、原則翌日にスーパー等の「産直コーナー」で販売する独自の流通プラットフォームを提供しております。

　当中間会計期間は、既存委託販売先との取引維持及び新規委託販売先での取引拡大に加え、登録生産者獲得のため、集荷場を拠点とした営業活動を行ってまいりました。和歌山・東海エリアにおける登録生産者からいただく出荷手数料の改定に加え、全国的なバーコードラベル代の見直し等の利益率向上施策に取り組み、事業基盤の強化に努めました。

　これにより、流通総額は7,185,242千円（前年同期比1.0%増）、流通点数は32,571千点（前年同期比8.4%増）、売上高は2,966,133千円（前年同期比8.3%増）、セグメント利益は389,984千円（前年同期比6.5％減）となりました。

②産直事業

　産直事業では、当社が生産者から直接農産物を買い取り、商品の「パッケージ」、売場の「POP」、生産者のおすすめ「レシピ」などで商品の付加価値を可視化（ブランディング卸）し、スーパー等の「青果売場」で販売しております。

　当中間会計期間は、ブランディング卸では既存取引先での主要品目を中心に取引量を拡大いたしました。新しい農産物流通の創造に向け、農家の直売所における委託販売システムとこれまでのブランディング卸を融合した「産直委託モデル」の拡大に注力いたしました。当社単独での「産直委託モデル」の拡大ではなく、2025年４月に「中期経営計画2025-2027」の中で公表いたしました、市場と協業した「産直委託モデル」のトライアルを推進いたしました。

　これにより、流通総額は1,706,334千円（前年同期比17.3%増）、売上高は1,678,771千円（前年同期比20.4%増）、セグメント利益は13,655千円（前年同期比63.1％減）となりました。

(2）財政状態の分析

　当中間会計期間末における総資産は、前事業年度末と比べ140,268千円減少し、2,417,537千円となりました。

　流動資産は、前事業年度末と比べ140,693千円減少し、1,963,634千円となりました。これは主に、現金及び預金の減少73,485千円、売掛金の減少115,530千円、商品の増加31,147千円、その他流動資産の増加16,494千円等によるものであります。

　固定資産は、前事業年度末と比べ425千円増加し、453,902千円となりました。これは、有形固定資産の減少4,026千円、無形固定資産の増加2,552千円、投資その他の資産の増加1,899千円によるものであります。

　当中間会計期間末における負債は、前事業年度末と比べ123,951千円減少し、1,544,069千円となりました。

　流動負債は、前事業年度末に比べ115,041千円減少し、1,499,574千円となりました。これは主に、買掛金の減少115,836千円、短期借入金の増加223,964千円、１年内返済予定の長期借入金の減少215,000千円、未払金の減少12,087千円、その他流動負債の増加9,481千円等によるものであります。

　固定負債は、前事業年度末に比べ8,910千円減少し、44,495千円となりました。これは主に、長期借入金の減少8,532千円等によるものであります。

　当中間会計期間末における純資産は、前事業年度末と比べ16,316千円減少し、873,467千円となりました。これは主に、利益剰余金の減少16,302千円等によるものであります。

(3）キャッシュ・フローの状況

　当中間会計期間末における現金及び現金同等物（以下、「資金」という）は、前事業年度末と比較して73,485千円減少し、704,104千円となりました。当中間会計期間における各キャッシュ・フローの状況は次のとおりであります。

（営業活動によるキャッシュ・フロー）

　営業活動の結果、資金は52,863千円減少しました（前年同期は317,206千円の増加）。主な増加要因は、減価償却費21,357千円、売上債権の減少115,530千円、その他の増加10,332千円等であります。主な減少要因は、税引前中間純損失14,714千円、棚卸資産の増加31,147千円、仕入債務の減少115,836千円、未払金の減少12,087千円、未払消費税等の減少15,521千円、法人税等の支払額5,842千円等によるものであります。

（投資活動によるキャッシュ・フロー）

　投資活動の結果、資金は20,628千円減少しました（前年同期は23,036千円の減少）。主な減少要因は、有形固定資産の取得による支出2,879千円、無形固定資産の取得による支出17,004千円等によるものであります。

（財務活動によるキャッシュ・フロー）

　財務活動の結果、資金は6千円増加しました（前年同期は105,602千円の減少）。増加要因は、短期借入金の増加223,964千円であります。主な減少要因は、長期借入金の返済による支出223,532千円等によるものであります。

(4）会計上の見積り及び当該見積りに用いた仮定

　当中間会計期間において、前事業年度の有価証券報告書に記載した「経営者による財政状態、経営成績及びキャッシュ・フローの状況の分析」中の会計上の見積り及び当該見積りに用いた仮定の記載について重要な変更はありません。

(5）経営方針・経営戦略等

　当中間会計期間において、当社が定めている経営方針・経営戦略等について重要な変更はありません。

(6）優先的に対処すべき事業上及び財務上の課題

　当中間会計期間において、当社が優先的に対処すべき事業上及び財務上の課題について重要な変更はありません。

(7）研究開発活動

　該当事項はありません。

３【重要な契約等】

　当社は、2025年12月25日開催の取締役会において、ＳＯＭＰＯ Ｌｉｇｈｔ Ｖｏｒｔｅｘ株式会社（以下「公開買付者」といいます。）による当社の普通株式及び新株予約権に対する公開買付け（以下「本公開買付け」といいます。）に賛同の意見を表明するとともに、当社株主の皆様及び新株予約権の所有者の皆様に対して、本公開買付けへの応募を推奨することを決議いたしました。公開買付者は2025年12月26日から2026年２月16日までの間、本公開買付けを行った結果、当社の普通株式16,562,200株及び本新株予約権1,600個の応募があり、本公開買付けに応募された当社株券等の数の合計が買付予定数の下限（10,688,800株）以上となり、本公開買付けが成立いたしました。

第３【提出会社の状況】

１【株式等の状況】

（１）【株式の総数等】

①【株式の総数】

②【発行済株式】

（２）【新株予約権等の状況】

①【ストックオプション制度の内容】

　　　　　該当事項はありません。

②【その他の新株予約権等の状況】

　　　　　該当事項はありません。

（３）【行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の行使状況等】

　該当事項はありません。

（４）【発行済株式総数、資本金等の推移】

（５）【大株主の状況】

（注）発行済株式（自己株式を除く。）の総数に対する所有株式数の割合は、小数点３位以下を切り捨てて記載しております。

（６）【議決権の状況】

①【発行済株式】

（注）「単元未満株式」の欄には、当社所有の自己株式90株が含まれております。

②【自己株式等】

２【役員の状況】

　該当事項はありません。

第４【経理の状況】

１．中間財務諸表の作成方法について

当社の中間財務諸表は、「財務諸表等の用語、様式及び作成方法に関する規則」（昭和38年大蔵省令第59号。以下「財務諸表等規則」という。）に基づいて作成しております。

また、当社は、金融商品取引法第24条の５第１項の表の第１号の上欄に掲げる会社に該当し、財務諸表等規則第１編及び第３編の規定により第１種中間財務諸表を作成しております。

２．監査証明について

当社は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づき、中間会計期間（2025年９月１日から2026年２月28日まで）に係る中間財務諸表について、史彩監査法人による期中レビューを受けております。

３．中間連結財務諸表について

「連結財務諸表の用語、様式及び作成方法に関する規則」（昭和51年大蔵省令第28号）第95条第２項により、当社では、子会社の資産、売上高、損益、利益剰余金及びキャッシュ・フローその他の項目から見て、当企業集団の財政状態、経営成績及びキャッシュ・フローの状況に関する合理的な判断を妨げない程度に重要性が乏しいものとして、中間連結財務諸表は作成しておりません。

１【中間財務諸表】

（１）【中間貸借対照表】

（２）【中間損益計算書】

（３）【中間キャッシュ・フロー計算書】

【注記事項】

（中間損益計算書関係）

※  販売費及び一般管理費のうち主要な費目及び金額は次のとおりであります。

（中間キャッシュ・フロー計算書関係）

※  現金及び現金同等物の中間期末残高と中間貸借対照表に掲記されている科目の金額との関係は下記のとおりであります。

（株主資本等関係）

Ⅰ　前中間会計期間（自　2024年９月１日　至　2025年２月28日）

１．配当金支払額

該当事項はありません。

２．基準日が当中間会計期間に属する配当のうち、配当の効力発生日が当中間会計期間の末日後になるもの

該当事項はありません。

３．株主資本の金額の著しい変動

当社は、2025年１月10日開催の取締役会において、会社法第165条第３項の規定により読み替えて適用される同法第156条の規定に基づき、自己株式の取得に係る事項について決議し、普通株式236,900株を取得しました。この結果、当中間会計期間において自己株式が69,999千円増加しております。

Ⅱ　当中間会計期間（自　2025年９月１日　至　2026年２月28日）

１．配当金支払額

該当事項はありません。

２．基準日が当中間会計期間に属する配当のうち、配当の効力発生日が当中間会計期間の末日後になるもの

該当事項はありません。

３．株主資本の金額の著しい変動

該当事項はありません。

（持分法損益等）

（セグメント情報等）

【セグメント情報】

Ⅰ　前中間会計期間（自　2024年９月１日　至　2025年２月28日）

報告セグメントごとの売上高及び利益又は損失の金額に関する情報並びに収益の分解情報

（注）１．セグメント利益の調整額△319,447千円は、各報告セグメントに配分していない全社費用
319,447千円であります。全社費用は、主に報告セグメントに帰属しない一般管理費であります。

２．セグメント利益は、中間損益計算書の営業利益と調整を行っております。

Ⅱ　当中間会計期間（自　2025年９月１日　至　2026年２月28日）

報告セグメントごとの売上高及び利益又は損失の金額に関する情報並びに収益の分解情報

（注）１．セグメント利益又は損失の調整額△420,922千円は、各報告セグメントに配分していない全社費用
420,922千円であります。全社費用は、主に報告セグメントに帰属しない一般管理費であります。

２．セグメント利益又は損失は、中間損益計算書の営業損失と調整を行っております。

（収益認識関係）

　顧客との契約から生じる収益を分解した情報は、「注記事項（セグメント情報等）」に記載の通りであります。

（１株当たり情報）

　１株当たり中間純利益又は１株当たり中間純損失及び算定上の基礎は、以下のとおりであります。

（注）１．前中間会計期間の潜在株式調整後１株当たり中間純利益については、希薄化効果を有している潜在株式が存在していないため記載しておりません。

２．当中間会計期間の潜在株式調整後１株当たり中間純利益については、潜在株式は存在するものの、１株当たり中間純損失であるため記載しておりません。

（重要な後発事象）

（株式併合並びに単元株式数の定めの廃止及び定款の一部変更）

　ＳＯＭＰＯ Ｌｉｇｈｔ Ｖｏｒｔｅｘ株式会社（以下「公開買付者」といいます。）は当社の普通株式の全て（但し、本新株予約権（注１）の行使により交付される当社株式を含み、当社が所有する自己株式及び本不応募合意株式（注２）を除きます。）及び本新株予約権の全てを取得することにより、当社の株主を公開買付者、当社の代表取締役会長ＣＥＯである及川智正氏及び当社の代表取締役社長である堀内寛氏（以下「及川氏ら」と総称します。）のみとし、当社株式を非公開化することを目的とした一連の取引（以下「本取引」といいます。）の一環として、2025年12月26日から2026年２月16日までの30営業日を本公開買付け（以下に定義します。）に係る公開買付け等の期間（以下「公開買付期間」といいます。）とする当社株式及び本新株予約権に対する公開買付け（以下「本公開買付け」といいます。）を実施いたしました。

　そして、公開買付者は、本公開買付けの結果、本公開買付けの決済の開始日である2026年２月24日をもって、当社株式16,562,200株（所有割合（注３）：75.94％）及び本新株予約権1,600個を所有するに至っております。

（注１）「本新株予約権」とは、2024年４月25日開催の当社取締役会の決議に基づき発行された第１回新株予約権（行使期間は2024年５月10日から2029年５月９日まで）をいいます。

（注２）「本不応募合意株式」とは、及川氏らが本公開買付けに応募しない旨の合意をしている当社株式（合計3,850,000株、所有割合17.65％）をいいます。

（注３）「所有割合」とは、2025年11月30日現在の発行済株式総数（22,025,900株）に、同日現在残存し行使可能な新株予約権（1,600個）の目的となる当社株式の数（160,000株）を加算した株式数（22,185,900株）から、同日現在の当社が所有する自己株式数（377,671株）を控除した株式数（21,808,229株）に対する割合（小数点以下第三位を四捨五入しております。以下、所有割合の計算において同じです。）をいいます。

　その後、上記のとおり本公開買付けが成立いたしましたが、公開買付者は、本公開買付けにより当社株式の全て（但し、本新株予約権の行使により交付される当社株式を含み、当社が所有する自己株式及び本不応募合意株式を除きます。）を取得できなかったことから、当社は、公開買付者の要請を受け、当社の株主を公開買付者及び及川氏らのみとするために、当社株式550,000株を１株に併合する株式の併合（以下「本株式併合」といいます。）を実施することとし、2026年３月11日開催の取締役会において、2026年４月10日開催の臨時株主総会に、第１号議案「株式併合の件」及び第２号議案「定款一部変更の件」をそれぞれ付議することを決議し、同臨時株主総会において承認可決されました。

　本株式併合により、公開買付者及び及川氏ら以外の株主の皆様の所有する当社株式の数は、１株に満たない端数となります。

　本株式併合により、当社株式は株式会社東京証券取引所の有価証券上場規程に定める上場廃止基準に該当することとなります。これにより、当社株式は、2026年４月10日から2026年４月26日までの間、整理銘柄に指定された後、2026年４月27日をもって上場廃止となる予定です。なお、本株式併合の効力発生日は2026年４月30日を予定しており、効力発生後における発行済株式総数は40株、効力発生日における発行可能株式総数は160株となります。

（自己株式の消却）

　当社は、2026年３月11日付の取締役会決議により、会社法第178条の規定に基づき自己株式の消却を行うことについて決議いたしました。

　なお、当該自己株式の消却は、2026年４月10日開催の当社の臨時株主総会において、2026年４月30日を効力発生日とする株式併合に関する議案が原案どおり承認可決されることを条件としておりましたが、同臨時株主総会において、同議案は原案どおり承認可決されました。

１．消却する株式の種類

当社普通株式

２．消却する株式の数

25,900株（消却前の発行済株式の総数に対する割合0.12％）

（注）小数点以下第三位を四捨五入しております。

３．消却予定日

2026年４月28日

２【その他】

該当事項はありません。

第二部【提出会社の保証会社等の情報】

　該当事項はありません。

独立監査人の中間財務諸表に対する期中レビュー報告書

2026年４月14日

史彩監査法人 東京都港区

指定社員 業務執行社員 公認会計士 西田友洋 指定社員 業務執行社員 公認会計士 本橋義郎

監査人の結論

当監査法人は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づき、「経理の状況」に掲げられている株式会社農業総合研究所の2025年9月1日から2026年8月31日までの第20期事業年度の中間会計期間（2025年9月1日から2026年2月28日まで）に係る中間財務諸表、すなわち、中間貸借対照表、中間損益計算書、中間キャッシュ・フロー計算書及び注記について期中レビューを行った。

当監査法人が実施した期中レビューにおいて、上記の中間財務諸表が、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して、株式会社農業総合研究所の2026年2月28日現在の財政状態並びに同日をもって終了する中間会計期間の経営成績及びキャッシュ・フローの状況を適正に表示していないと信じさせる事項が全ての重要な点において認められなかった。

監査人の結論の根拠

当監査法人は、我が国において一般に公正妥当と認められる期中レビューの基準に準拠して期中レビューを行った。期中レビューの基準における当監査法人の責任は、「中間財務諸表の期中レビューにおける監査人の責任」に記載されている。当監査法人は、我が国における職業倫理に関する規定（社会的影響度の高い事業体の財務諸表監査に適用される規定を含む。）に従って、会社から独立しており、また、監査人としてのその他の倫理上の責任を果たしている。当監査法人は、結論の表明の基礎となる証拠を入手したと判断している。

強調事項

【注記事項】（重要な後発事象）に記載されているとおり、ＳＯＭＰＯ Ｌｉｇｈｔ Ｖｏｒｔｅｘ株式会社による会社の普通株式及び新株予約権に対する公開買付けは、2026年２月16日をもって終了し、本公開買付けが成立したことから2026年2月24日をもって、ＳＯＭＰＯ Ｌｉｇｈｔ Ｖｏｒｔｅｘ株式会社が会社の親会社となっている。今後、会社の株式は所定の手続を経て2026年４月27日をもって上場廃止となる予定である。

当該事項は、当監査法人の結論に影響を及ぼすものではない。

中間財務諸表に対する経営者並びに監査役及び監査役会の責任

経営者の責任は、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して中間財務諸表を作成し適正に表示することにある。これには、不正又は誤謬による重要な虚偽表示のない中間財務諸表を作成し適正に表示するために経営者が必要と判断した内部統制を整備及び運用することが含まれる。

中間財務諸表を作成するに当たり、経営者は、継続企業の前提に基づき中間財務諸表を作成することが適切であるかどうかを評価し、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に基づいて継続企業に関する事項を開示する必要がある場合には当該事項を開示する責任がある。

監査役及び監査役会の責任は、財務報告プロセスの整備及び運用における取締役の職務の執行を監視することにある。

中間財務諸表の期中レビューにおける監査人の責任

監査人の責任は、監査人が実施した期中レビューに基づいて、期中レビュー報告書において独立の立場から中間財務諸表に対する結論を表明することにある。

監査人は、我が国において一般に公正妥当と認められる期中レビューの基準に従って、期中レビューの過程を通じて、職業的専門家としての判断を行い、職業的懐疑心を保持して以下を実施する。

・　主として経営者、財務及び会計に関する事項に責任を有する者等に対する質問、分析的手続その他の期中レビュー手続を実施する。期中レビュー手続は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に準拠して実施される年度の財務諸表の監査に比べて限定された手続である。

・　継続企業の前提に関する事項について、重要な疑義を生じさせるような事象又は状況に関して重要な不確実性が認められると判断した場合には、入手した証拠に基づき、中間財務諸表において、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して、適正に表示されていないと信じさせる事項が認められないかどうか結論付ける。また、継続企業の前提に関する重要な不確実性が認められる場合は、期中レビュー報告書において中間財務諸表の注記事項に注意を喚起すること、又は重要な不確実性に関する中間財務諸表の注記事項が適切でない場合は、中間財務諸表に対して限定付結論又は否定的結論を表明することが求められている。監査人の結論は、期中レビュー報告書日までに入手した証拠に基づいているが、将来の事象や状況により、企業は継続企業として存続できなくなる可能性がある。

・　中間財務諸表の表示及び注記事項が、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠していないと信じさせる事項が認められないかどうかとともに、関連する注記事項を含めた中間財務諸表の表示、構成及び内容、並びに中間財務諸表が基礎となる取引や会計事象を適正に表示していないと信じさせる事項が認められないかどうかを評価する。

監査人は、監査役及び監査役会に対して、計画した期中レビューの範囲とその実施時期、期中レビュー上の重要な発見事項について報告を行う。

監査人は、監査役及び監査役会に対して、独立性についての我が国における職業倫理に関する規定を遵守したこと、並びに監査人の独立性に影響を与えると合理的に考えられる事項、及び阻害要因を除去するための対応策を講じている場合又は阻害要因を許容可能な水準にまで軽減するためのセーフガードを適用している場合はその内容について報告を行う。

利害関係

会社及び当監査法人又は業務執行社員との間には、公認会計士法の規定により記載すべき利害関係はない。

以　上

（注）１．上記は期中レビュー報告書の原本に記載された事項を電子化したものであり、その原本は当社（半期報告書提出会社）が別途保管しております。 ２．ＸＢＲＬデータは期中レビュー対象には含まれておりません。