4882 株式会社ペルセウスプロテオミクス 半期報告書－第26期(2025/04/01－2026/03/31)

【表紙】

第一部【企業情報】

第１【企業の概況】

１【主要な経営指標等の推移】

（注）１．当社は中間連結財務諸表を作成しておりませんので、連結会計年度に係る主要な経営指標等の推移については記載しておりません。

２．第26期中間会計期間の資本金の減少は、2025年９月１日付の減資によるものです。

３．持分法を適用した場合の投資利益については、関連会社を有していないため記載しておりません。

４．潜在株式調整後１株当たり中間（当期）純利益については、潜在株式は存在するものの、１株当たり中間（当期）純損失であるため記載しておりません。

５．１株当たり配当額については、無配のため記載しておりません。

２【事業の内容】

　当中間会計期間において、当社が営む事業の内容について重要な変更はありません。また、主要な関係会社の異動もありません。

第２【事業の状況】

１【事業等のリスク】

　当中間会計期間において、当半期報告書に記載した事業の状況、経理の状況等に関する事項のうち、経営者が提出会社の財政状態、経営成績及びキャッシュ・フローの状況に重要な影響を与える可能性があると認識している主要なリスクの発生又は前事業年度の有価証券報告書に記載した「事業等のリスク」についての重要な変更はありません。

２【経営者による財政状態、経営成績及びキャッシュ・フローの状況の分析】

　文中の将来に関する事項は、本書提出日現在において、当社が判断したものであります。

（１）経営成績の状況

　当中間会計期間における世界経済は、持ち直しが緩やかになっており、関税率引き上げの影響に伴う駆け込み需要の反動の影響や不透明感が見られました。国内経済は、米国の通商政策による影響が自動車産業を中心にみられるものの緩やかに回復しておりますが、物価上昇の継続が消費者マインドの下振れ等を通じて個人消費に及ぼす影響なども国内景気を下押しするリスクとなっております。また、金融資本市場の変動等の影響に引き続き注意を要する状況が続いております。

　当社が属する医薬品業界におきましては、がんや認知症等、世界的に患者数が増えている疾患の治療法の確立が、継続的な重要課題になっております。当社におきましては、創薬領域を中心に、積極的な事業展開を図りました。各領域における成果は次のとおりです。

①　創薬

　当社の抗体取得プラットフォームを活用し、主にがん領域で抗体開発を進めております。カドヘリン３（CDH3）を標的とするPPMX-T002及びPPMX-T004、トランスフェリン受容体１（TfR1）を標的とするPPMX-T003という３つの抗体の開発を進めているほか、これらに続く候補抗体の評価・検討を進めております。

　次世代の創薬に向けて、効率的な抗体取得技術の整備を進めており、新たなPPMX抗体ライブラリ２を用いて当社のデータベースを整備し、当社が独自に開発を進めているAI創薬により、高難度抗原に対する抗体取得を進めております。

　また、７月には国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED）が設立した「ニューモダリティコンソーシアム」に会員企業の１社として入会が承認されました。これにより、当社は大学や研究機関の持つ先進的な創薬シーズへ効率的かつ早期にアクセスできるようになり、当社が有する抗体技術などとの組み合わせにより、新たな医薬品候補（パイプライン）や革新的な創薬の創出が期待されます。

　当社のパイプラインの開発状況は次のとおりです。

ａ．PPMX-T002

　PPMX-T002は、がん細胞で多数発現しているCDH3を標的とする抗体に、イットリウム90（90Y）という放射性同位体（RI）を標識した抗がん剤候補です。がん細胞上の標的に抗体が集積し、90Yが放射線を照射してがん細胞を殺傷する仕組みです。導出先の富士フイルム株式会社の事業方針の変更により、2022年３月に実施権が返還され、新たな医薬品候補として開発を進めております。富士フイルム株式会社の子会社が米国で行った第Ｉ相試験においては、本抗体が標的のがん細胞へ集積することが確認されております。当社は、抗腫瘍効果をさらに高める目的でRIを90Yからアクチニウム225（225Ac）へ変更し、動物実験で効果を検証しました。これをもとに放射性医薬品開発会社を中心に早期の導出に向けて活動を継続しております。

ｂ．PPMX-T003

　PPMX-T003は、当社のファージライブラリの中から、ICOS法というスクリーニング技術を活用して取得したユニークな完全ヒト抗体です。標的となるTfR1は、細胞内への鉄の取り込みに関与し、増殖が盛んながん細胞に極めて多く発現しています。本抗体がTfR1に結合すると、がん細胞への鉄の取り込みが阻害され、それによってがん細胞は増殖が抑制され抗腫瘍効果が得られます。

　TfR1は、がん細胞のほかに、赤芽球細胞（赤血球になる前の細胞）にも極めて多く発現しています。このため、まずは赤血球が異常に増える疾患である真性多血症（PV）を対象疾患と定めて第Ｉ相試験を国内で実施し、2024年６月に終了しました。

　また、本抗体はアグレッシブNK細胞白血病（ANKL）という超希少疾患に対する有望な治療薬となる可能性が示されています。2022年３月及び2025年２月の二度にわたり、AMEDの「創薬支援推進事業・希少疾病用医薬品指定前実用化支援事業」（以下「本事業」）に採択され、支援を受けています。本事業は、医師主導で第Ｉ/Ⅱ相試験（以下「本治験」）を実施しています。当初、本治験は本年度内の終了を予定していましたが、2025年９月末時点での登録症例数が４例にとどまっていることから、治験調整医師の判断により、治験期間を１年延長することを計画しています。さらに、今後の被験者登録を促進するため、治験実施施設の数を９か所から10か所に増やす予定です。

　このほか、急性骨髄性白血病、悪性リンパ腫等の血液がん及び固形がんに対する治療薬としての作用機序を明確化するため、名古屋大学等と共同で創薬研究を推進しております。当社は、PPMX-T003の価値最大化に向けて研究開発を進めると共に、早期の導出に向けて活動を継続しております。

ｃ．PPMX-T004

　PPMX-T004は、CDH3を標的とする抗体に薬物を結合した抗体薬物複合体（ADC）です。ADCは、抗体ががん細胞に特異的に結合し、薬物をがん細胞内に直接取り込ませることで、従来の化学療法よりも副作用を抑えつつ、高い治療効果が期待できるとされています。

　当社はPPMX-T004の抗体に結合させる最新の薬物及びリンカー等の最適な組み合わせを見出し、マウスによる実験でも高い抗腫瘍効果を認めました。これを受けて、現在は予備毒性試験を進めております。薬効と毒性のバランスの最適化は2026年３月期以降となる見込みです。

　また、前事業年度にADCに関する共同研究契約を締結したＵＢＥ株式会社とは、PPMX-T004のみならず、様々な疾患に対するADCの探索研究を進めております。その成果として、第84回日本癌学会学術総会（2025年９月25日～27日）におきまして、PPMX-T004b-PGAP-1（注）の高い抗腫瘍効果や先行品との比較について、ポスター発表を行いました。

（注）PPMX-T004b-PGAP-1は、卵巣がん、胆道がん、頭頸部がんなどの固形がんに多数発現が見られるCDH3を標的とするADCで、PPMX-T004のひとつです。

②　抗体研究支援

　抗体研究支援の売上高は6,510千円（前年同期比71.9％増）となりました。なお、ラクダ由来のVHH抗体ライブラリを用いた抗体スクリーニング・作製サービスの提供を、2025年５月に新たに提供を開始しております。

③　抗体・試薬販売

　抗体・試薬販売の売上高は54,453千円（前年同期比2.1％減）となりました。2025年４月に、ADC研究開発用抗体として抗Exatecan抗体及び疾患研究用抗体として抗GPR87抗体を発売しております。さらに10月には疾患及び代謝研究に利用可能な抗S1PR3抗体の販売も開始しております。また、湧永製薬株式会社と共同で開発しているPTX3迅速計測キットについては、心血管疾患の一種（非公開）を対象とした体外診断用医薬品としての臨床性能試験が完了し、現在製造販売承認へ向けた準備を進めております。PTX3は、血管炎だけでなく、種々の炎症によっても血中濃度が上がることが知られており、今後多様な炎症性疾患の予後を予測する体外診断用医薬品としての研究開発を進めてまいります。

　以上の結果、当中間会計期間の売上高は60,963千円（前年同期比2.6％増）となりました。販売費及び一般管理費は457,175千円（前年同期比2.6％減）となり、営業損失は399,766千円（前年同期は営業損失414,460千円）となりました。経常損失は、為替差損等による営業外費用1,241千円を計上した一方、助成金収入等による営業外収益55,415千円を計上した結果、345,592千円（前年同期は経常損失427,243千円）となりました。また、当社が保有する固定資産につきまして「固定資産の減損に係る会計基準」に基づく減損損失として32,838千円を特別損失に計上したこと等により、中間純損失は379,395千円（前年同期は中間純損失495,433千円）となりました。

　なお、当社は医薬品事業のみの単一セグメントであるため、セグメント別の記載を省略しております。

（売上原価、売上総利益）

　当中間会計期間の売上原価は、3,554千円となりました。この結果、当中間会計期間の売上総利益は、57,409千円（前年同期比4.3％増）となりました。

（販売費及び一般管理費、営業損失）

　当中間会計期間の販売費及び一般管理費は、457,175千円となりました。そのうち、研究開発費は310,816千円となりました。

　この結果、営業損失は、399,766千円（前年同期は営業損失414,460千円）となりました。

（営業外収益、営業外費用、経常損失）

　当中間会計期間の営業外収益は、55,415千円となりました。主なものは、助成金収入52,426千円であります。

　当中間会計期間の営業外費用は、1,241千円となりました。主なものは、為替差損1,211千円であります。

　この結果、経常損失は、345,592千円（前年同期は経常損失427,243千円）となりました。

（特別利益、特別損失）

　当中間会計期間の特別利益はありません。

　当中間会計期間の特別損失は、32,838千円となりました。これは、固定資産の減損損失を計上したためであります。減損損失は、当社の事業の特性上、現段階では、将来の収入の不確実性が高いことから医薬品事業に係る固定資産の回収可能額をゼロとし、帳簿価額と備忘価額との差額及び差入保証金に含まれる原状回復費用の見積額について回収不能と判断した金額の合計32,838千円を減損損失として特別損失に計上したものであります。

　これらの結果を受け、当中間会計期間の中間純損失は、379,395千円（前年同期は中間純損失495,433千円）となりました。

（２）財政状態の状況

（資産）

　当中間会計期間末の総資産は、前事業年度末に比べ356,962千円減少し、1,461,875千円となりました。主に、研究開発費の支払い等により現金及び預金が282,642千円減少したことによるものであります。

（負債）

　当中間会計期間末の負債は、前事業年度末に比べ22,432千円増加し、408,864千円となりました。主に、AMEDの「創薬支援推進事業・希少疾病用医薬品指定前実用化支援事業」への採択により交付された助成金である長期預り金が50,000千円増加した一方、未払金が9,365千円、未払費用が10,582千円、未払法人税等が13,797千円それぞれ減少したことによるものであります。

（純資産）

　当中間会計期間末の純資産は、前事業年度末に比べ379,395千円減少し、1,053,011千円となりました。これは、中間純損失379,395千円によるものであります。なお、純資産の合計金額への影響はありませんが、減資及び欠損填補により資本金が1,937,908千円、資本剰余金が1,870,593千円減少し、一方で利益剰余金が3,808,501千円増加しております。

（３）キャッシュ・フローの状況

　当中間会計期間末における現金及び現金同等物は、前事業年度末に比べ282,642千円減少し、1,385,278千円となりました。

　当中間会計期間における各キャッシュ・フローの状況と要因は次のとおりであります。

（営業活動によるキャッシュ・フロー）

　営業活動によるキャッシュ・フローは、275,623千円の支出となりました。主に、AMEDからの助成金である長期預り金等による増加があった一方、税引前中間純損失378,431千円の計上等による減少があったことによるものです。

（投資活動によるキャッシュ・フロー）

　投資活動によるキャッシュ・フローは、5,688千円の支出となりました。これは、研究開発用の固定資産の取得による支出によるものであります。

（財務活動によるキャッシュ・フロー）

　財務活動によるキャッシュ・フローは、30千円の支出となりました。これは、株式の発行による支出によるものであります。

（４）会計上の見積り及び当該見積りに用いた仮定

　前事業年度の有価証券報告書に記載した「経営者による財政状態、経営成績及びキャッシュ・フローの状況の分析」中の会計上の見積り及び当該見積りに用いた仮定の記載について重要な変更を行っております。詳細は「第４ 経理の状況 １ 中間財務諸表の注記事項（会計上の見積りの変更）」をご参照ください。

（５）経営方針・経営戦略等

　当中間会計期間において、当社が定めている経営方針・経営戦略等について重要な変更はありません。

（６）優先的に対処すべき事業上及び財務上の課題

　当中間会計期間において、当社が対処すべき事業上及び財務上の課題について重要な変更はありません。

（７）研究開発活動

　当中間会計期間における研究開発活動の金額は、310,816千円であります。

　なお、当中間会計期間において、当社の主な研究開発活動の状況に重要な変更はありません。

３【重要な契約等】

　該当事項はありません。

第３【提出会社の状況】

１【株式等の状況】

（１）【株式の総数等】

①【株式の総数】

②【発行済株式】

（２）【新株予約権等の状況】

①【ストックオプション制度の内容】

　該当事項はありません。

②【その他の新株予約権等の状況】

　該当事項はありません。

（３）【行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の行使状況等】

　該当事項はありません。

（４）【発行済株式総数、資本金等の推移】

（注）当社は、2025年６月27日開催の定時株主総会における資本金及び資本準備金の額の減少並びに剰余金の処分の決議に基づき、2025年９月１日付で減資の効力が発生しております。これにより、資本金を1,937,908千円、資本準備金を1,870,593千円それぞれ減少させ、減少させた額の全額をその他資本剰余金へ振り替えるとともに、増加させたその他資本剰余金の全額を繰越利益利益剰余金へ振り替え、欠損填補を行っております。この結果、当中間会計期間末において、資本金が500,000千円、資本剰余金が853,204千円となっております。なお、株主資本の合計金額への影響はありません。

（５）【大株主の状況】

（６）【議決権の状況】

①【発行済株式】

（注）「単元未満株式」欄の普通株式には、自己株式50株が含まれております。

②【自己株式等】

（注）当社は、単元未満の自己株式を50株所有しております。

２【役員の状況】

　該当事項はありません。

第４【経理の状況】

１．中間財務諸表の作成方法について

当社の中間財務諸表は、「財務諸表等の用語、様式及び作成方法に関する規則」（昭和38年大蔵省令第59号。以下「財務諸表等規則」という。）に基づいて作成しております。

また、当社は、金融商品取引法第24条の５第１項の表の第１号の上欄に掲げる会社に該当し、財務諸表等規則第１編及び第３編の規定により第１種中間財務諸表を作成しております。

２．監査証明について

当社は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づき、中間会計期間（2025年４月１日から2025年９月30日まで）に係る中間財務諸表について、史彩監査法人による期中レビューを受けております。

　なお、当社の監査法人は次のとおり交代しております。

第25期事業年度 有限責任あずさ監査法人 第26期中間会計期間 史彩監査法人

３．中間連結財務諸表について

当社は子会社がありませんので、中間連結財務諸表を作成しておりません。

１【中間財務諸表】

（１）【中間貸借対照表】

（２）【中間損益計算書】

（３）【中間キャッシュ・フロー計算書】

【注記事項】

（会計方針の変更）

該当事項はありません。

（会計上の見積りの変更）

　当中間会計期間において、当社の不動産賃貸借契約に伴う原状回復義務の算定方法にかかる新たな情報を入手したことに伴い、退去時に必要とされる原状回復費用に関する見積りの変更を行いました。なお、資産除去債務については、負債計上に代えて、不動産賃貸借契約に関連する差入保証金の回収が最終的に見込めないと認められる金額を合理的に見積り、そのうち経過期間にかかる金額を費用に計上する簡便的な方法によっております。この変更により原状回復費用の見積額が28,299千円増加しております。なお、差入保証金に含まれる原状回復費用の見積額28,299千円は減損損失として特別損失に計上しております。

（中間キャッシュ・フロー計算書関係）

※　現金及び現金同等物の中間期末残高と中間貸借対照表に掲記されている科目の金額との関係は、次のとおりであります。

（株主資本等関係）

Ⅰ　前中間会計期間（自　2024年４月１日　至　2024年９月30日）

１．配当金支払額

　該当事項はありません。

２．基準日が当中間会計期間に属する配当のうち、配当の効力発生日が当中間会計期間の末日後となるもの

　該当事項はありません。

３．株主資本の著しい変動

　当中間会計期間において、新株予約権の権利行使に伴い、資本金と資本剰余金がそれぞれ465,129千円増加しました。これにより、当中間会計期間末の資本金は2,436,148千円、資本剰余金は2,722,038千円となっております。

Ⅱ　当中間会計期間（自　2025年４月１日　至　2025年９月30日）

１．配当金支払額

　該当事項はありません。

２．基準日が当中間会計期間に属する配当のうち、配当の効力発生日が当中間会計期間の末日後となるもの

　該当事項はありません。

３．株主資本の著しい変動

　当社は、2025年６月27日開催の定時株主総会における資本金及び資本準備金の額の減少並びに剰余金の処分の決議に基づき、2025年９月１日付で減資の効力が発生しております。これにより、資本金を1,937,908千円、資本準備金を1,870,593千円それぞれ減少させ、減少させた額の全額をその他資本剰余金へ振り替えるとともに、増加させたその他資本剰余金の全額を繰越利益剰余金へ振り替え、欠損填補を行っております。この結果、当中間会計期間末において、資本金が500,000千円、資本剰余金が853,204千円となっております。なお、株主資本の合計金額への影響はありません。

（セグメント情報等）

【セグメント情報】

Ⅰ　前中間会計期間（自　2024年４月１日　至　2024年９月30日）

当社の事業セグメントは、医薬品事業のみの単一セグメントであるため、セグメント情報の記載を省略しております。

Ⅱ　当中間会計期間（自　2025年４月１日　至　2025年９月30日）

当社の事業セグメントは、医薬品事業のみの単一セグメントであるため、セグメント情報の記載を省略しております。

（収益認識関係）

　当社の事業セグメントは、医薬品事業のみの単一セグメントであり、顧客との契約から生じる収益を分解した情報は以下のとおりであります。

財又はサービスの種類別の内訳

（１株当たり情報）

　１株当たり中間純損失及び算定上の基礎は、以下のとおりであります。

（注）　潜在株式調整後１株当たり中間純利益については、潜在株式は存在するものの１株当たり中間純損失であるため記載しておりません。

（重要な後発事象）

該当事項はありません。

２【その他】

　該当事項はありません。

第二部【提出会社の保証会社等の情報】

　該当事項はありません。

独立監査人の中間財務諸表に対する期中レビュー報告書

史彩監査法人 東京都港区

監査人の結論

　当監査法人は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づき、「経理の状況」に掲げられている株式会社ペルセウスプロテオミクスの2025年４月１日から2026年３月31日までの第26期事業年度の中間会計期間（2025年4月1日から2025年９月30日まで）に係る中間財務諸表、すなわち、中間貸借対照表、中間損益計算書、中間キャッシュ・フロー計算書及び注記について期中レビューを行った。

　当監査法人が実施した期中レビューにおいて、上記の中間財務諸表が、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して、株式会社ペルセウスプロテオミクスの2025年９月30日現在の財政状態並びに同日をもって終了する中間会計期間の経営成績及びキャッシュ・フローの状況を適正に表示していないと信じさせる事項が全ての重要な点において認められなかった。

監査人の結論の根拠

　当監査法人は、我が国において一般に公正妥当と認められる期中レビューの基準に準拠して期中レビューを行った。期中レビューの基準における当監査法人の責任は、「中間財務諸表の期中レビューにおける監査人の責任」に記載されている。当監査法人は、我が国における職業倫理に関する規定（社会的影響度の高い事業体の財務諸表監査に適用される規定を含む。）に従って、会社から独立しており、また、監査人としてのその他の倫理上の責任を果たしている。当監査法人は、結論の表明の基礎となる証拠を入手したと判断している。

その他の事項

　会社の2025年３月31日をもって終了した前事業年度の中間会計期間に係る中間財務諸表及び前事業年度の財務諸表は、それぞれ、前任監査人によって期中レビュー及び監査が実施されている。前任監査人は、当該中間財務諸表に対して2024年11月13日付で無限定の結論を表明しており、また、当該財務諸表に対して2025年６月27日付で無限定適正意見を表明している。

中間財務諸表に対する経営者及び監査等委員会の責任

　経営者の責任は、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して中間財務諸表を作成し適正に表示することにある。これには、不正又は誤謬による重要な虚偽表示のない中間財務諸表を作成し適正に表示するために経営者が必要と判断した内部統制を整備及び運用することが含まれる。

　中間財務諸表を作成するに当たり、経営者は、継続企業の前提に基づき中間財務諸表を作成することが適切であるかどうかを評価し、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に基づいて継続企業に関する事項を開示する必要がある場合には当該事項を開示する責任がある。

　監査等委員会の責任は、財務報告プロセスの整備及び運用における取締役の職務の執行を監視することにある。

中間財務諸表の期中レビューにおける監査人の責任

　監査人の責任は、監査人が実施した期中レビューに基づいて、期中レビュー報告書において独立の立場から中間財務諸表に対する結論を表明することにある。

　監査人は、我が国において一般に公正妥当と認められる期中レビューの基準に従って、期中レビューの過程を通じて、職業的専門家としての判断を行い、職業的懐疑心を保持して以下を実施する。

・主として経営者、財務及び会計に関する事項に責任を有する者等に対する質問、分析的手続その他の期中レビュー手続を実施する。期中レビュー手続は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に準拠して実施される年度の財務諸表の監査に比べて限定された手続である。

・継続企業の前提に関する事項について、重要な疑義を生じさせるような事象又は状況に関して重要な不確実性が認められると判断した場合には、入手した証拠に基づき、中間財務諸表において、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して、適正に表示されていないと信じさせる事項が認められないかどうか結論付ける。また、継続企業の前提に関する重要な不確実性が認められる場合は、期中レビュー報告書において中間財務諸表の注記事項に注意を喚起すること、又は重要な不確実性に関する中間財務諸表の注記事項が適切でない場合は、中間財務諸表に対して限定付結論又は否定的結論を表明することが求められている。監査人の結論は、期中レビュー報告書日までに入手した証拠に基づいているが、将来の事象や状況により、企業は継続企業として存続できなくなる可能性がある。

・中間財務諸表の表示及び注記事項が、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠していないと信じさせる事項が認められないかどうかとともに、関連する注記事項を含めた中間財務諸表の表示、構成及び内容、並びに中間財務諸表が基礎となる取引や会計事象を適正に表示していないと信じさせる事項が認められないかどうかを評価する。

　監査人は、監査等委員会に対して、計画した期中レビューの範囲とその実施時期、期中レビュー上の重要な発見事項について報告を行う。

　監査人は、監査等委員会に対して、独立性についての我が国における職業倫理に関する規定を遵守したこと、並びに監査人の独立性に影響を与えると合理的に考えられる事項、及び阻害要因を除去するための対応策を講じている場合又は阻害要因を許容可能な水準にまで軽減するためのセーフガードを適用している場合はその内容について報告を行う。

利害関係

　会社と当監査法人又は業務執行社員との間には、公認会計士法の規定により記載すべき利害関係はない。

以　上

（注）１．上記の期中レビュー報告書の原本は当社（半期報告書提出会社）が別途保管しております。 ２．XBRLデータは期中レビューの対象には含まれていません。